Сточные воды при производстве глубинной культуры делятся на две категории: отработавшая вода из теплообменников, из рубашек маточников ферментаторов и т. д. и производственно-загрязненные воды.
Вода от мойки технологического оборудования (посевных аппаратов, ферментаторов и продуктовых коммуникаций) собирается в сборнике и перед подачей на биологическую очистку подвергается стерилизации. Центробежным насосом вода подается на контактную головку, где нагревается до 126—130°С, и выдерживается в течение 1 ч в трубчатом выдерживателе, затем охлаждается до 30° С в теплообменнике и через усреднитель направляется на биологическую очистку.
Сточные воды от мойки варочного аппарата, расходных чанков, осахаривателя, смесителя, стерилизатора, теплообменника, мойки полов непосредственно через усреднитель поступают на биологическую очистку. Стоки от санузлов и душевых направляются в канализационную сеть.
Инфицированная культура гриба, количество которой не должно превышать 5% от общего количества ферментации или 0,05 м3 на 1 м3 культуры, подвергается стерилизации при давлении 0,18— 0,20 МПа в течение 2 ч непосредственно в ферментаторе, после чего через усреднитель подается на биологическую очистку. Количество загрязненной воды составляет около 22—35 м3 на 1 м3 культуры.